Der Roman besteht aus mehreren Handlungslinien, zwischen denen kapitelweise gesprungen wird. Drei Haupthandlungsstränge spielen zur Zeit des Zweiten Weltkriegs, ein weiterer in der Gegenwart. Die Hauptcharaktere sind Corporal Bobby Shaftoe (Zweiter Weltkrieg), Lawrence Pritchard Waterhouse (Zweiter Weltkrieg), Goto Dengo (Zweiter Weltkrieg und Gegenwart), Enoch Root (Zweiter Weltkrieg und Gegenwart), Randall (Randy) Lawrence Waterhouse (Gegenwart), sowie Douglas (Doug) MacArthur Shaftoe (Zweiter Weltkrieg und Gegenwart) und seine Tochter America (Amy) (Gegenwart). Aus den Familiennamen lässt sich ableiten, dass die Hauptcharaktere teilweise miteinander verwandt sind. (Anm.: Im Folgenden wird versucht, die Haupthandlung nach Handlungssträngen getrennt zu skizzieren. Viele Nebenhandlungen müssen dabei außer acht gelassen werden, und die Feinheiten der ineinandergreifenden Handlungsstränge gehen dabei verloren.)

Randys Großvater Lawrence Waterhouse ist ein genialer Mathematiker und arbeitet unter anderem zusammen mit dem – nicht fiktiven – Alan Turing in Bletchley Park an der Entschlüsselung von Kryptographiesystemen der deutschen Wehrmacht. Dadurch, dass das Verschlüsselungssystem der Enigma geknackt wurde und die Alliierten die daraus erhaltenen Informationen zu ihrem Vorteil nutzen, ergeben sich Auffälligkeiten, wie z. B. die Versenkung sämtlicher U-Boot-Tanker. Um derartige statistische Anomalien und damit die Existenz der wertvollen Informationsquelle Ultra bzw. Mega (die Bezeichnung bei den Amerikanern) vor den Deutschen, allen voran Rudolf von Hacklheber, einem ehemaligen Studienkollegen von Waterhouse und Turing, zu verbergen, wird unter strengster Geheimhaltung die Abteilung 2702 gegründet. Diese soll derartige Problemfälle finden, Ideen zu ihrer Verschleierung entwickeln (beides Lawrence Waterhouses Aufgabe) und diese Ideen in die Tat umsetzen. Für letzteres zeichnen allen voran Bobby Shaftoe und Enoch Root verantwortlich. Die beiden hatten sich auf Guadalcanal kennengelernt, als Root Shaftoe, den einzigen Überlebenden seiner alten Einheit, gerettet hatte.

 

Cryptonomicon

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